自贸区注册公司主要有三个方面的好处：一是办事流程简化；二是进出口税收政策优惠；三是未来多项金融政策的创新优势。

首先，在办事流程上，自贸区有着工商一站式受理三证，注册资本认缴制等简化流程和缩短办理周期的优惠措施。如此一来，这其中为创业者注册公司节省了很多时间，进一步降低了注册公司的门槛。

其次，自贸区继承了原本外高桥保税区实行的外贸关税政策，在上海自贸区内注册公司，所有的进口货物可以先不用交关税(只需要等待货物离开自贸区时再交)，而转口贸易的关税则全免。上海自贸区注册公司，任何商品(除武器、毒品及有污染的物品之外)均可被允许无期限保税存放或展示，海关不征收任何监管费用。自贸区公司所有的货币都可以自由兑换，不用结汇、减少汇率差。而且货币可以自由划转。这些都是进出口和外资企业所看好的“重头戏”。

另外，自贸区的税收和退税比例还实行了“两免三减半”的政策，即外商投资企业可享受从获利年度起2 年免征、3 年减半征收企业所得税的待遇。而公司注册的年和第二年：增值税返税率高达16.25%;企业所得税返税率为20% ;营业税返税率为：32%。这些高返税政策无疑是其他地方所不能比拟的。