北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。
北京同仁医院眼外伤专科成立于1968年，是国内早成立的集临床、科研、教学于一体的眼外伤专科。北京同仁眼外伤专科技术力量雄厚，学科梯队合理，拥有包括多位经验丰富、享有盛誉的专家和教授在内的近20名副主任医师以上职称的高级专业人才。每月专家门诊量在1700人次以上，固定病床50余张，年手术量达5000人次以上。
近年来眼外伤专科在国内率先开展各种眼外伤、眼底病的诊治新技术，包括显微眼内窥镜下的视网膜脱离复位、眼内异物取出以及眼内窥镜睫状突光凝难治性青光眼等，为眼外伤患者提供了新的途径;包括23G、25G微创玻璃体视网膜手术，在“微创意识”引领下积极开展微创玻璃体视网膜手术，以小侵袭或损伤达到佳手术疗效。另外开展虹膜瞳孔损伤修复、带虹膜人工晶状体植入、巩膜层间人工晶状体固定、人工角膜镜下玻璃体手术联合角膜移植、各类儿童玻璃体视网膜病变的微创玻璃体手术、儿童复杂眼外伤的微创玻璃体手术、抗VEGF外伤性新生血管疾病等。
角膜塑形镜门诊现设立在北京同仁医院崇文门院区东区一楼视光中心门诊，隶属眼科医学视光中心，现有医生6人，均为副高以上职称，专业擅长为眼视光医学及角膜病学，在复杂角膜屈光问题，近视眼防控，角膜塑形镜验配，硬性角膜接触镜(RGP)验配等领域具有丰富的临床经验。
服务人群：18-55岁的近视、散光、远视等屈光不正，希望通过手术矫正获得更好视觉体验的患者。