预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
预付款保函与履约保函的区别：
履约保函是为了保证中标单位如约履行工程合同的内容
预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
也就是说这是两个不同的保函，都是要交的。因此从某一个角度也能体现施工单位的经济实力。
不过不用担心，作为预付款的保函既然是为了保证预付款的，就不像履约保函那样一定要到工程全部建设结束，合同内容履行完毕之后才退还给你。通常是约定保证预付款用在合同上就可以退还了。只是在工程建设前期冻结在银行，后面就解冻了。
如何避免风险?
1、常见生效条款：开立之日起生效;指定日期生效;指定事件生效。
2、常见失效条款：指定失效日期;指定失效事件。
不利的失效条款：事实性条款;不延期即付款或自动延期。
3、减额条款：如：保函金额随xx合同项下履行金额递减;或随验收金额递减。
应尽量采用：随申请人提交的每批货物的提单/发票按比例递减;随申请人提交的由受益人签署的验收证书金额递减。
4、金额敞口风险：赔付利率不明确、赔付币种与担保币种之间汇率不明确、承担无上限律师费和诉讼费等。
5、索赔条款：尽量避免索赔条款过于简单，给受益人不当索赔提供了便利，也可以增加索赔声明的内容。
6、转让风险：受益人要求保函项下的权利可单独转让的。增加了受益人索赔的不确定性，通常情况下应避免。
预付款保函：
是指银行(担保人)应交易合同中的一方当事人(申请人)的请求，开立的以另一方当事人为受益人的保函，在申请人没有履行合同中规定的义务时，银行将保证偿还受益人预付或已付给申请人的金额。