北京空 军总医院学科设置齐全，拥有50多个临床、医技科室，拥有皮肤科、中西医结合正骨科、中医科3个国家中医药管理局重点学科和专科、专病中心，1个全军皮肤病研究所，8个全军医学专科、专病中心，1个国家临床试验机构及全军临床药理基地，设有飞行学员医学选拔中心及一批特色学科。
北京空 军总医院专业人才璀璨，现拥有全军科技领军人才培养对象1人，空 军首席专家1人，空 军级专家13人，高层次科技人才75人；18人享受政府特殊津贴。副主任医师以上专业技术人员近300人，博士、硕士研究生学历近400人。医院是空 军军医大学、安徽医科大学等10余所高等院校的临床教学医院；医院11个专业获批为住院医师规范化培训基地；拥有博士、硕士研究生导师120多名；博士、硕士联合授权点34个；在站博士后10余名，在院研究生、实习生、进修生及住院医师600余名，已成为军队医学人才的重要基地。
北京空 军总医院积极追踪医学前沿，开展了肝、肾移植，胰肾联合移植，眼角膜移植等多器官移植应用研究；半相合骨髓移植、干细胞移植临床研究；三维适形定向放射治 疗肿瘤应用研究；纤维内窥镜技术应用研究；各种激光治 疗技术应用研究；飞行员飞行心理指导干预；以及腹腔镜、关节镜等各类介入微创技术等。
北京空 军总医院皮肤科“学科”各类技术人员89人，其中正高级职称9人，副高级职称11人，博士19名，硕士14名。是第四军医大学、第三军医大学、解放军总医院、中国医科大学、安徽医科大学、北京中医药大学等院校的研究生培养点，博士后流动站，现有博士研究生导师4名、硕士研究生导师6名。