医院学科设置齐全，设有6个专科病院， 60个临床医技科室、以及多个科研实验机构、编辑部等其他业务部门。是国家疑难病症诊治能力提升工程项目资助单位、国家区域医疗中心建设及能力输出单位（呼吸与危重症医学科）；国家中西医协同“旗舰”医院试点项目建设单位；有生物诊断国家地方联合工程研究中心、全国医疗机构医学人工智能研究院、全国大数据算法与分析技术国家工程实验室；泌尿外科、皮肤科系国家重点学科；骨外科、消化内科、临床专科护理、地方病科(地方性骨病、心肌病、碘相关及甲状腺疾病)、麻醉科、皮肤科、呼吸内科、耳鼻咽喉头颈外科、急诊科、中医科等10个学科为国家临床重点专科；小儿外科、肿瘤病院、心血管病院、神经病院4个国家重大疾病多学科合作诊疗能力建设项目；陕西省生物与转化医学工程研究中心、陕西省胃肠动力疾病研究重点实验室2个省级工程中心和重点实验室；皮肤科、消化内科、医用超声研究室、小儿外科、急诊科、手术室、康复医学科、泌尿外科、供应科等9个省级医疗质控中心。
医疗技术创多个“首例”：CART复发难治性骨髓瘤、颈椎3D打印钢板经口腔植入手术、脾脏及门脉高压症内外科综合、转化医学与生物诊疗、全球小年龄肝母细胞瘤腹腔镜下切除术、经无冠窦射频消融希氏束旁房速、全国首例第四代机器人辅助自体肾移植手术、全国首例七轴协作机器人辅助全髋关节置换手术、全国首例成骨不全症合并双侧耳蜗型耳硬化症患者的双侧人工耳蜗植入手术、全国首例国产髋膝兼容关节手术机器人辅助全膝关节置换手术、西北首例七轴协作机器人辅助纵隔肿瘤切除手术、西北首例第四代机器人辅助全食管切除手术、西北首例三个半规管填塞同期人工耳蜗植入术、西北首例关节镜下All-Inside全内前交叉韧带重建术。
医院与省内外百余家基层医院建立托管、医联体和协作关系，充分发挥国家队的指导作用。被确定为国家区域医疗中心项目建设输出西安交通大学第二附属医院洛阳医院、西安交通大学第二附属医院新疆医院、西安交通大学第二附属医院杨凌示范区医院。医院坚持履行国家公立医院的社会责任，数十年如一日下乡巡回医疗、医疗扶贫、援助基层，对口支援西藏阿里地区、新疆等地区，进行医疗帮扶，多年承担苏丹、马拉维等非洲国家的医疗援助工作。在重大自然灾害、紧急抢险及疫情防控等公共卫生事件中充分发挥医疗应急救援职责、派出医护专家指导、救治在线，受到各级政府的高度肯定。
传承及创新是前行的动力，发展和服务是永恒的目标，作为大学附属医院，医院将始终保持只争朝夕、奋力拼搏的精神状态，秉承“胸怀大局、无私奉献、弘扬传统、艰苦创业”的西迁精神，坚持“仁心仁术、尚德尚医、求实奉献、开拓创新”的院训，深入贯彻落实党的二十大精神，与时俱进做好医院顶层设计与战略谋划，为医院各项事业的建设和发展谋篇布局，锐意进取，为百姓的健康保驾护航，助力健康中国建设。