对申请人的作用：有助于其顺利参与各类经济活动。在许多交易中，对方可能要求提供担保以降低风险，申请人通过提供保函，可以满足对方的要求，增强自身在交易中的信用度，从而更容易获得合同、订单等商业机会。
协商的一般流程
提出协商：由申请人或受益人根据实际情况，向对方提出关于预付款保函期限协商的请求，并说明理由。
双方沟通：申请人与受益人就保函期限调整的具体事宜进行沟通和协商，各自阐述利益诉求和考虑因素，寻求双方都能接受的解决方案。
达成一致：经过协商，双方就保函期限达成一致意见后，形成书面的协议或补充协议。
通知担保人：双方将协商一致的结果通知开立保函的银行或担保机构，由其审核并办理相关的保函期限调整手续。
从合同履行角度看
预付款使用期限只是预付款在合同中规定的用于特定事项的时间范围，但合同的履行可能存在后续的验收、质保等多个阶段。例如在工程建设项目中，预付款可能在工程前期用于施工准备等工作，但工程竣工后还有验收环节，如果发现质量问题需要整改，而申请人拒绝承担责任，此时受益人可能需要动用预付款保函来保障自身权益，这种情况下预付款保函期限超过预付款使用期限是合理且必要的，以确保合同的履行。
从常见商业实践看
在实际商业活动中，预付款保函期限超过预付款使用期限是较为常见的做法。一般会根据合同的整体期限、项目的复杂程度等因素来综合确定保函期限。比如在一些大型设备采购项目中，预付款使用期限可能在设备生产阶段，但保函期限通常会延长至设备交付后的一定质保期内，以保证在整个交易过程中受益人的权益都能得到有效保障。